La Amazonía Peruana se divide tradicionalmente en dos ecorregiones bien diferenciadas:* La Selva Baja, conocida también con el nombre de región Omagua, walla, anti, bosque tropical amazónico o cuenca amazónica. Esta ecorregión es la más extensa del Perú, se alza entre 80 a 400 msnm. De clima muy cálido su temperatura media es de 28°C, alta humedad relativa (superior al 75%) y gran cantidad de precipitaciones pluviales. Sus suelos son muy heterogéneos, pero casi todos son de origen fluvial y debido a las altas temperaturas y altas precipitaciones poseen pocos nutrientes. Destaca la presencia de grandes y caudalosos ríos como el Amazonas, Ucayali, Marañón, Putumayo, Yavarí, Napo, Tigre y Pastaza.
La Selva Alta, también llamada Rupa-Rupa, ceja de selva, ceja de montaña, o bosques lluviosos de altura. Esta ecorregión se extiende en las estribaciones orientales de la Cordillera de los Andes, entre los 400 a 1000 msnm. Sus temperaturas son cálidas en las partes bajas y frías en las partes de mayor altura. La fauna es de origen amazónico con muchos endemismos (seres vivos que sólo habitan en dicho lugar mas no en otro en el mundo), debido al factor aislamiento, ocasionada por la orografía accidentada de esta zona.
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